Наружные свищи (перианальные, кишечно-кожные) и внутренние (между тонким кишечником и слепой кишкой, другой петлей тонкого кишечника, сигмовидной кишкой, мочевым пузырем и влагалищем), мижпетлевые абсцессы и значительное сужение просвета кишечника с симптомами частичной кишечной непроходимости, редко - острая кишечная непроходимость, массивное кровотечение, свободная перфорация кишки с разлитым перитонитом. Риск рака толстого кишечника повышен, но меньше, чем при язвенном неспецифическом колите.
Такие же, как при язвенном неспецифическом колите. Кроме того, часто: холелитиаз (30% пациентов с поражением подвздошной кишки), пальцы в виде «барабанных палочек» (40-60% пациентов с тяжелыми обострениями заболевания) и мочекаменная болезнь (10%).